Nov 4, 2020

Getting_Anaconda

Anaconda

Anaconda 可以便捷获取包且对包能够进行管理，同时对环境可以统一管理的发行版本。Anaconda包含了conda、Python在内的超过180个科学包及其依赖项。

Installation

macOS系统图形界面安装
1. 前往官方下载页面下载。有两个版本可供选择：Python 3.6 和 Python 2.7。选择版之后点击“64-Bit Graphical Installer”进行下载。
2. 完成下载之后，双击下载文件，在对话框中“Introduction”、“Read Me”、“License”部分可直接点击下一步
3. “Destination Select”部分选择“Install for me only”并点击下一步。
  
  注意：若有错误提示信息“You cannot install Anaconda in this location”则重新选择“Install for me only”并点击下一步。
4. “Installation Type”部分，可以点击“Change Install Location”来改变安装位置。标准的安装路径是在用户的家目录下。若选择默认安装路径，则直接点击“Install”进行安装。
5. 等待“Installation”部分结束，在“Summary”部分若看到“The installation was completed successfully.”则安装成功，直接点击“Close”关闭对话框。
6. 在mac的Launchpad中可以找到名为“Anaconda-Navigator”的图标，点击打开。
7. 若“Anaconda-Navigator”成功启动，则说明真正成功地安装了Anaconda；如果未成功，请务必仔细检查以上安装步骤。
  
  提示：“Anaconda-Navigator”中已经包含“Jupyter Notebook”、“Jupyterlab”、“Qtconsole”和“Spyder”。
8. 完成安装。
macOS系统命令行安装
1. 前往官方下载页面下载。有两个版本可供选择：Python 3.6 和 Python 2.7。选择版之后点击“64-Bit Command-Line Installer”进行下载。
2. 完成下载之后，在mac的Launchpad中找到“其他”并打开“终端”。
  - 安装Python 3.6： bash ~/Downloads/Anaconda3-5.0.1-MacOSX-x86_64.sh
  - 安装Python 2.7： bash ~/Downloads/Anaconda2-5.0.1-MacOSX-x86_64.sh
  ⚠️注意：
  1. 首词bash也需要输入，无论是否用的Bash shell。
  2. 如果你的下载路径是自定义的，那么把该步骤路径中的 ~/Downloads 替换成你自己的下载路径。
3. 安装过程中，看到提示“In order to continue the installation process, please review the license agreement.”（“请浏览许可证协议以便继续安装。”），点击“Enter”查看“许可证协议”。
4. 在“许可证协议”界面将屏幕滚动至底，输入“yes”表示同意许可证协议内容。然后进行下一步。
5. 安装过程中，提示“Press Enter to confirm the location, Press CTRL-C to cancel the installation or specify an alternate installation directory.”（“按回车键确认安装路径，按’CTRL-C’取消安装或者指定安装目录。”）如果接受默认安装路径，则会显示 PREFIX=/home//anaconda<2 or 3> 并且继续安装。安装过程大约需要几分钟的时间。
  
  建议：直接接受默认安装路径。
6. 安装器若提示“Do you wish the installer to prepend the Anaconda install location to PATH in your /home//.bash_profile ?”（“你希望安装器添加Anaconda安装路径在 /home//.bash_profile 文件中吗？”），建议输入“yes”。
  
  ⚠️注意：
  1. 路径 /home//.bash_profile 中即进入到家目录后你的目录名。
  2. 如果输入“no”，则需要手动添加路径。添加 export PATH=“//bin:$PATH” 在 .bashrc 或者 .bash_profile 中。其中，替换为你真实的Anaconda安装路径。
7. 当看到“Thank you for installing Anaconda!”则说明已经成功完成安装。
8. 关闭终端，然后再打开终端以使安装后的Anaconda启动。
9. 验证安装结果。可选用以下任意一种方法：
  - 在终端中输入命令 condal list ，如果Anaconda被成功安装，则会显示已经安装的包名和版本号。
  - 在终端中输入 python 。这条命令将会启动Python交互界面，如果Anaconda被成功安装并且可以运行，则将会在Python版本号的右边显示“Anaconda custom (64-bit)”。退出Python交互界面则输入 exit() 或 quit() 即可。
  - 在终端中输入 anaconda-navigator 。如果Anaconda被成功安装，则Anaconda Navigator的图形界面将会被启动。
Windows系统安装Anaconda
1. 前往官方下载页面下载。有两个版本可供选择：Python 3.6 和 Python 2.7，选择版之后根据自己操作系统的情况点击“64-Bit Graphical Installer”或“32-Bit Graphical Installer”进行下载。
2. 完成下载之后，双击下载文件，启动安装程序。
  
  ⚠️注意：
  1. 如果在安装过程中遇到任何问题，那么暂时地关闭杀毒软件，并在安装程序完成之后再打开。
  2. 如果在安装时选择了“为所有用户安装”，则卸载Anaconda然后重新安装，只为“我这个用户”安装。
3. 选择“Next”。
4. 阅读许可证协议条款，然后勾选“I Agree”并进行下一步。
5. 除非是以管理员身份为所有用户安装，否则仅勾选“Just Me”并点击“Next”。
6. 在“Choose Install Location”界面中选择安装Anaconda的目标路径，然后点击“Next”。
  
  ⚠️注意：
  1. 目标路径中不能含有空格，同时不能是“unicode”编码。
  2. 除非被要求以管理员权限安装，否则不要以管理员身份安装。
7. 在“Advanced Installation Options”中不要勾选“Add Anaconda to my PATH environment variable.”（“添加Anaconda至我的环境变量。”）。因为如果勾选，则将会影响其他程序的使用。如果使用Anaconda，则通过打开Anaconda Navigator或者在开始菜单中的“Anaconda Prompt”（类似macOS中的“终端”）中进行使用。除非你打算使用多个版本的Anaconda或者多个版本的Python，否则便勾选“Register Anaconda as my default Python 3.6”。然后点击“Install”开始安装。如果想要查看安装细节，则可以点击“Show Details”。
8. 点击“Next”。
9. 进入“Thanks for installing Anaconda!”界面则意味着安装成功，点击“Finish”完成安装。
  
  ⚠️注意：如果你不想了解“Anaconda云”和“Anaconda支持”，则可以不勾选“Learn more about Anaconda Cloud”和“Learn more about Anaconda Support”。
10. 验证安装结果。可选以下任意方法：
  1. “开始 → Anaconda3（64-bit）→ Anaconda Navigator”，若可以成功启动Anaconda Navigator则说明安装成功。
  2. “开始 → Anaconda3（64-bit）→ 右键点击Anaconda Prompt → 以管理员身份运行”，在Anaconda Prompt中输入 conda list ，可以查看已经安装的包名和版本号。若结果可以正常显示，则说明安装成功。
Linux系统安装Anaconda
1. 前往官方下载页面下载。有两个版本可供选择：Python 3.6 和 Python 2.7。
2. 启动终端，在终端中输入命令 md5sum /path/filename 或 sha256sum /path/filename
  
  ⚠️注意：将该步骤命令中的 /path/filename 替换为文件的实际下载路径和文件名。其中，path是路径，filename为文件名。
3. 根据Python版本的不同有选择性地在终端输入命令：
  - Python 3.6： bash ~/Downloads/Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh
  - Python 2.7： bash ~/Downloads/Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.sh
4. 安装过程中，看到提示“In order to continue the installation process, please review the license agreement.”（“请浏览许可证协议以便继续安装。”），点击“Enter”查看“许可证协议”。
5. 在“许可证协议”界面将屏幕滚动至底，输入“yes”表示同意许可证协议内容。然后进行下一步。
6. 安装过程中，提示“Press Enter to accept the default install location, CTRL-C to cancel the installation or specify an alternate installation directory.”（“按回车键确认安装路径，按’CTRL-C’取消安装或者指定安装目录。”）如果接受默认安装路径，则会显示 PREFIX=/home//anaconda<2 or 3> 并且继续安装。安装过程大约需要几分钟的时间。
7. 安装器若提示“Do you wish the installer to prepend the Anaconda<2 or 3> install location to PATH in your /home//.bashrc ?”（“你希望安装器添加Anaconda安装路径在 /home//.bashrc 文件中吗？”），建议输入“yes”。
  
  ⚠️注意：
  1. 路径 /home//.bash_rc 中 “” 即进入到家目录后你的目录名。
  2. 如果输入“no”，则需要手动添加路径，否则conda将无法正常运行。
8. 当看到“Thank you for installing Anaconda<2 or 3>!”则说明已经成功完成安装。
9. 关闭终端，然后再打开终端以使安装后的Anaconda启动。或者直接在终端中输入 source ~/.bashrc 也可完成启动。
10. 验证安装结果。可选用以下任意一种方法：
  - 在终端中输入命令 condal list ，如果Anaconda被成功安装，则会显示已经安装的包名和版本号。
  - 在终端中输入 python 。这条命令将会启动Python交互界面，如果Anaconda被成功安装并且可以运行，则将会在Python版本号的右边显示“Anaconda custom (64-bit)”。退出Python交互界面则输入 exit() 或 quit() 即可。
  - 在终端中输入 anaconda-navigator 。如果Anaconda被成功安装，则Anaconda Navigator将会被启动。

macOS Homebrew 安装Anaconda

## Mac安装大概步骤
$ brew cask install anaconda
## 看情况添加环境变量
$ echo 'export PATH=/usr/local/anaconda3/bin:$PATH' >> ~/.bash_profile
$ source ~/.bash_profile

配置Anaconda使用清华镜像

TUNA 提供了 Anaconda 仓库与第三方源（conda-forge、msys2、pytorch等）的镜像，各系统都可以通过修改用户目录下的 .condarc 文件。Windows 用户无法直接创建名为 .condarc 的文件，可先执行 conda config –set show_channel_urls yes 生成该文件之后再修改。

修改 .condarc 文件内容如下，即可添加Anaconda Python免费仓库。

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

运行 conda clean -i 清除索引缓存，保证用的是镜像站提供的索引。

运行 conda create -n myenv numpy 测试一下吧。

Usage

管理conda

验证conda已被安装

conda --version

终端上将会以 conda 版本号 的形式显示当前安装conda的版本号。如： conda 3.11.0

⚠️注意：如果出现错误信息，则需核实是否出现以下情况：
1. 使用的用户是否是安装Anaconda时的账户。
2. 是否在安装Anaconda之后重启了终端。
3. 更新conda至最新版本
conda update conda

执行命令后，conda将会对版本进行比较并列出可以升级的版本。同时，也会告知用户其他相关包也会升级到相应版本。

当较新的版本可以用于升级时，终端会显示 Proceed ([y]/n)? ，此时输入 y 即可进行升级。
查看conda帮助信息

conda --help

或

conda -h
卸载conda
1. Linux 或 macOS
  
  rm -rf ~/anaconda2
  
  或
  
  rm -rf ~/anaconda3
  
  即删除Anaconda的安装目录。根据安装的Anaconda版本选择相应的卸载命令。
2. Windows
  
  控制面板 → 添加或删除程序 → 选择“Python X.X (Anaconda)” → 点击“删除程序”
  
  ⚠️注意：
  1. Python X.X：即Python的版本，如：Python 3.6。
  2. Windows 10的删除有所不同。

管理环境

创建新环境

$ conda create --name <env_name> <package_names>
1. 可指定python版本号，如： conda create -n my-env python=2.7
2. 如果要在新创建的环境中创建多个包，则直接在后以空格隔开，添加多个包名即可。如： conda create -n python3 python=3.5 numpy pandas，即创建一个名为“python3”的环境，环境中安装版本为3.5的python，同时也安装了numpy和pandas。
3. 默认情况下，新创建的环境将会被保存在 /Users//anaconda3/env 目录下，其中，为当前用户的用户名。
切换环境
1. Linux 或 macOS
  
  $ conda activate <env_name>
2. Windows
  
  activate <env_name>
3. 提示
  1. 如果创建环境后安装Python时没有指定Python的版本，那么将会安装与Anaconda版本相同的Python版本，即如果安装Anaconda第2版，则会自动安装Python 2.x；如果安装Anaconda第3版，则会自动安装Python 3.x。
  2. 当成功切换环境之后，在该行行首将以“(env_name)”或“[env_name]”开头。其中，“env_name”为切换到的环境名。如：在macOS系统中执行 source active python2 ，即切换至名为“python2”的环境，则行首将会以(python2)开头。
退出环境至root
1. Linux 或 macOS
  
  conda deactivate
2. Windows
  
  deactivate
3. 提示
  
  当执行退出当前环境，回到root环境命令后，原本行首以“(env_name)”或“[env_name]”开头的字符将不再显示。
显示已创建环境

conda info --envs

或

conda info -e

或

conda env list

结果中星号“*”所在行即为当前所在环境。macOS系统中默认创建的环境名为“base”。
复制环境

conda create --name <new_env_name> --clone <copied_env_name>

⚠️注意
1. 即为被复制/克隆环境名。
2. 即为复制之后新环境的名称。
3. conda create --name py2 --clone python2，即为克隆名为“python2”的环境，克隆后的新环境名为“py2”。此时，环境中将同时存在“python2”和“py2”环境，且两个环境的配置相同。
删除环境

conda remove --name <env_name> --all

⚠️注意：为被删除环境的名称。

包管理

查找可供安装的包版本
1. 精确查找
  
  conda search --full-name <package_full_name>
  
  ⚠️注意：
  1. –full-name 为精确查找的参数。
  2. 是被查找包的全名。
  3. 例如： conda search --full-name python即查找全名为“python”的包有哪些版本可供安装。
2. 模糊查找
  
  conda search <text>
  
  ⚠️注意：
  1. 是查找含有此字段的包名。
  2. 例如： conda search py即查找含有“py”字段的包，有哪些版本可供安装。
获取当前环境中已安装的包信息

conda list

执行上述命令后将在终端显示当前环境已安装包的包名及其版本号。
安装包
1. 在指定环境中安装包
  
  conda install --name <env_name> <package_name>
  
  ⚠️注意：
  1. 即将包安装的指定环境名。
  2. 即要安装的包名。
  3. 例如：conda install --name python2 pandas即在名为“python2”的环境中安装pandas包。
2. 在当前环境中安装包
  
  conda install <package_name>
  
  ⚠️注意：
  1. 即要安装的包名。
  2. 执行命令后在当前环境中安装包。
  3. 例如： conda install pandas即在当前环境中安装pandas包。
3. 使用pip安装包
  
  使用场景：当使用 conda install 无法进行安装时，可以使用pip进行安装。例如：see包。
  
  命令：pip install <package_name>
  
  ⚠️注意：
  1. 为指定安装包的名称。
  2. 例如： pip install see即安装see包。
  3. pip只是包管理器，无法对环境进行管理。因此如果想在指定环境中使用pip进行安装包，则需要先切换到指定环境中，再使用pip命令安装包。
    1. pip无法更新python，因为pip并不将python视为包。
  4. pip可以安装一些conda无法安装的包；conda也可以安装一些pip无法安装的包。因此当使用一种命令无法安装包时，可以尝试用另一种命令。
4. 从http://Anaconda.org安装包
  
  使用场景：当使用 conda install 无法进行安装时，可以考虑从http://Anaconda.org中获取安装包的命令，并进行安装。
  
  ⚠️注意：
  1. 从http://Anaconda.org安装包时，无需注册。
  2. 在当前环境中安装来自于http://Anaconda.org的包时，需要通过输入要安装的包在http://Anaconda.org中的路径作为获取途径（channel）。查询路径的方式如下：
  3. 在浏览器中输入：http://anaconda.org，或直接点击Anaconda Cloud
  4. 在新页面“Anaconda Cloud”的上方搜索框中输入要安装的包名，然后点击右边“放大镜”标志。
  5. 搜索结果中有数以千计的包可供选择，此时点击“Downloads”可根据下载量进行排序，最上面的为下载最多的包。
  6. 选择满足需求的包或下载量最多的包，点击包名。
  7. 复制“To install this package with conda run:”下方的命令，并粘贴在终端中执行。
  8. 完成安装。
卸载包
1. 卸载指定环境中的包
  
  conda remove --name <env_name> <package_name>
  
  ⚠️注意：
  1. 即卸载包所在指定环境的名称。
  2. 即要卸载包的名称。包名两边不加尖括号“<>”。
  3. 例如： conda remove --name python2 pandas即卸载名为“python2”中的pandas包。
2. 卸载当前环境中的包
  
  conda remove <package_name>
  
  ⚠️注意：
  1. 即要卸载包的名称。
  2. 执行命令后即在当前环境中卸载指定包。
  3. 例如： conda remove pandas 即在当前环境中卸载pandas包。
更新包
1. 更新所有包
  
  conda update --all
  
  或
  
  conda upgrade --all
  
  ⚠️建议：在安装Anaconda之后执行上述命令更新Anaconda中的所有包至最新版本，便于使用。
2. 更新指定包
  
  conda update <package_name>
  
  或
  
  conda upgrade <package_name>
  
  ⚠️注意：
  1. 为指定更新的包名。
  2. 更新多个指定包，则包名以空格隔开，向后排列。如： conda update pandas numpy matplotlib即更新pandas、numpy、matplotlib包。